DESENVOLVIMENTO DE SERVIDOR SEMI-AUTOMÁTICO DE MODELAGEM MOLECULAR

  • João Luiz de Almeida Filho
  • Jorge Hernandez Fernandez
Palavras-chave: Bioinformática, Modelagem molecular, Modeller

Resumo

Com o advento da Bioinfomática diariamente novos aplicativos são desenvolvidos para auxiliar o pesquisador da área de biologia. A utilização destes aplicativos é de alta complexidade e requer um conhecimento avançado da linguagem computacional. Assim, para facilitar a experiência do usuário com a modelagem molecular, estamos desenvolvendo o AutoModel que é uma interface gráfica, de fácil usabilidade, para o programa de modelagem estrutural de proteínas Modeller. O AutoModel está sendo desenvolvido em Python e WxPython, sob o Sistema Operativo Linux e o Modeller versão 9v8. Com a utilização do modelo de desenvolvimento incremental, pode-se, adaptar melhor o aplicativo em outros sistemas, o que permite adicionar facilmente novas funcionalidades. Internamente a interface foi estruturada em duas camadas para que possa funcionar no modelo cliente-servidor. A camada responsável pela interface gráfica é desenvolvida de modo que facilite a usabilidade assim obtendo maior eficácia de uso. Para facilitar a análise dos resultados o usuário ao final da modelagem pode utilizar ainda o software PROCHECK. Testes realizados com o AutoModel mostraram que o aplicativo tornou muito mais simples e rápida a modelagem comparando-se com a modelagem feita de forma tradicional com o Modeller. Além disto, novos recursos foram adicionados para que o usuário possa alterar ligantes do “template” antes da modelagem e fazer uma melhor análise da qualidade das estruturas modeladas utilizando a função “score DOPE” e o programa PROCHECK. Usuários via Web poderão utilizar o AutoModel quando o modulo SERVER, atualmente em desenvolvimento, estiver pronto. O desenvolvimento inicial do AutoModel está dentro do planejamento inicial, em período de testes preliminares. A próxima etapa será adicionar o recurso de refinamento de loops e a implementação do AutoModel como um servidor-WEB para ser utilizado por pesquisadores de outras instituições.
Publicado
08-04-2013