IDENTIFICAÇÃO DE POSSÍVEIS PONTOS TRANSCRIÇÃO INTERGÊNICA POR ANÁLISE IN SILICO DERIVADOS DE DADOS DE CHIP-ON-CHIP

Autores

  • MILENA AMENDRO FARIA
  • ÁLVARO FABRÍCIO LOPES RIOS

Palavras-chave:

Epigenética, ncRNA, miRNA

Resumo

Os RNAs não codificadores de proteína (ncRNAs) tem emergido como importantes moléculas no controle da expressão gênica desde o bloqueio da tradução, na degradação de RNA mensageiro ou mesmo estabelecendo padrões epigenéticos específicos na cromatina. O presente estudo teve por objetivo identificar pontos de transcrição intergênica através de análise in silico em regiões regulatórias de genes codificadores de fatores de transcrição (TF) associados à diferenciação celular embrionária.Para identificação de possíveis pontos de transcrição intergênica, foram realizadas varreduras das seqüências candidatas através do programa Megablast contra o banco de dados de ESTs (Expressed Sequence Tags) humanas depositadas no GenBank. Foram realizadas análises através de programas de bioinformática para a identificação de: a) possíveis seqüências precursoras de miRNAs (MFold e CIDmiRNA); b) identificação de seqüências relacionadas a elementos genômicos repetitivos (Repeatmasker); c) presença de ilhas CpGs (MethPrimer).Foram identificados em 54 genes analisados 46 possíveis pontos de transcrição. Em 63% desses genes com possíveis pontos de transcrição, foi identificada a ancoragem total ou parcial das seqüências supostamente transcritas em ilhas CpGs. A estrutura secundária de várias dessas seqüências demonstra que as mesmas poderiam constituir miRNAs ainda não identificados. Os resultados da análise com Repeatmasker indicam que 56.5% dos genes, continham segmentos de elementos genômicos repetitivos. O presente estudo aponta para a possibilidade de novos transcritos intergênicos estarem associados a regiões regulatórias de diversos genes codificadores de TFs envolvidos na diferenciação celular.Os dados aqui apresentados poderão corroborar em futuros estudos in vitro com a hipótese da existência de um forte componente de RNA no estabelecimento de programas de expressão gênica e memória celular em mamíferos.  

Publicado

29-03-2012